O Conselho Estadual de Educação do Estado do Rio de Janeiro, de acordo com sua Lei de criação e seu Regimento Interno, tem a seguinte estrutura:

Conselho Pleno

Câmara de Conjunta de Educação Superior e Educação Profissional
Câmara de Educação Básica
Comissão Permanente de Legislação e Normas
Comissão Permanente de Planejamento
Comissão Especial de Educação a Distância
Comissão de Inclusão e Diversidade

Presidência
Vice-Presidência
Secretaria-Geral
Assessoria Administrativa
Assessoria Técnica